La colonne vertébrale qui constitue l'axe du corps joue un rôle particulièrement important dans le yoga. Elle est divisée par la physiologie occidentale en 5 régions. (cervicale, le cou ; dorsale, le dos ; lombaire, la taille ; sacrée, le sacrum, et coccygienne, le coccyx). C'est dans chacune de ces régions que la physiologie subtile du Tantrisme situe les 5 premiers chakras, le 6ème se situant entre les deux sourcils et le 7ème au-dessus du crâne (correspondant à l'emplacement de la fontanelle chez les bébés).
Les Chakras apparaissent à la perception clairvoyante sous forme de tourbillons d'énergie brassant les substances mentales, astrales et éthériques. Lorsque l'individu a atteint un haut degré de développement spirituel ces centres semblent tournoyer à grande vitesse et ils prennent l'aspect de sphères d'énergie radiante (d'où leur nom qui signifie en sanskrit : roue).
Chaque Chakra est en rapport avec un plan de fonctionnement de l'organisme d'une part, et d'autre part avec un niveau de conscience dans le mental. C'est-à-dire que chaque Chakra préside (au niveau énergétique) aux fonctions organiques qui se trouvent sous sa tutelle ainsi qu'a différents plans de fonctionnement de la conscience. Les 7 Chakras ont pour nom, de bas en haut MULADHARA, SVADISTHANA, MANIPURA, ANAHTA, VISUDDHA, AJNA, et SAHASRARA.
1) - Muladhara
Il est situé dans la région de la pointe du sacrum, il préside aux fonctions d'excrétion. C'est le centre d'énergie qui assure la cohésion matérielle du corps. Il est symbolisé par l'élément terre (niveau le plus dense, le plus "matériel" de la vibration de l'énergie cosmique individualisée en l'homme. Les matières fécales). Il est associé au sens de l'odorat. C'est dans cc centre que repose Kundalini. La puissance cosmique assoupie en l'homme, enroulée 3 fois et demi sur elle-même, sa "tête" (on la compare à un serpent) couvre l'orifice de la nadi Shushumna qui prend origine dans ce chakra. En remontant le long du trajet de Shushumna on trouve les 4 Chakras suivants.
2) - Svadisthana
Situé au niveau de la base des organes génitaux. C'est lui qui est La source de l'énergie sexuelle et il préside au fonctionnement de tous les organes en rapport avec la sexualité, la reproduction. Son élément est l'eau (liquide séminal, urine), il régit le sens du goût . Au niveau glandulaire, il correspond aux gonades (glandes sexuelles) et est le reflet subtil du plexus nerveux appelé plexus sacré.
3) - Manipura ou Nahabi Chakra
Situé à deux pouces en dessous du nombril (plexus épigastrique) il régit la fonction de digestion et est associé au sens de la vue. La glande qui lui correspond est le pancréas, l'élément feu lui est associé (la combustion que représente le processus de digestion). Il correspond au HARA de la tradition japonaise. C'est le centre vital de l'homme centre de l'équilibration mécanique et visuel (et, nous le verrons plus loin, de l'équilibre psychique et mental).
4) - Anahata
Situé dans la région du cœur (niveau du plexus cardiaque). Il régit les fonctions circulatoires (lymphatique et sanguine) et respiratoire (activité pulmonaire). Il est lié à une glande : le thymus. Son élément est l'air (la respiration de l'air). Il est associé au sens du toucher.
5)- Visuddha
Situé à la jonction de la colonne vertébrale, et de la moelle allongée, derrière la gorge (plexus laryngal). Il est associé à l'élément éther (l'espace) et contrôle le sens de l'ouïe. Il dirige le fonctionnement de la glande thyroïde et de la parathyroïde. Il correspond à la conscience mentale en tant qu'intellect.
6) - Ajna
Entre les deux sourcils, sur le front. Il est associé au fonctionnement de la glande hypophyse qui est une glande particulièrement importante dans le système endocrinien et dont on dit qu'elle en est le "chef d'orchestre". C'est le centre de l'intuition le mental supérieur.
7) – Sahasrara
"Le lotus aux mille pétales" est situé au sommet du crâne. C'est le lieu où Kundalini éveillée, après avoir percé les précédents Chakras rencontre la conscience pure. Il correspond sur le plan physique à la glande pinéale, glande "atrophiée" selon la médecine occidentale mais qui selon les traditions yoguiques peut être réveillée et dont les sécrétions sont liées aux états supra-mentaux de la conscience. C'est le centre de l'éveil spirituel et de la réalisation du Soi. Le but du Kundalini yoga est de faire monter la conscience dans ce centre. C'est un point central, attracteur, autour duquel se polarisent les différents niveaux vibratoires de l'énergie, dont l'individu participe en tant qu'unité. C'est le "bindu", essence suprême de l'être, noyau de vie. C'est dans ce point que l'être réalise la conscience cosmique et s'unit à elle, atteignant dans son propre être la conscience pure qui est SAT-CHIT-ANANDA (être, conscience, félicité).